因马各庄外来人口聚集，部分地区存在房屋陈旧等现象。2016年3月，该村被北京市政府列为“2016年棚户区改造和环境整治任务”的储备项目，待棚改审批通过后即启动。2017年4月，北京市确定城六区实现“无煤化”，马各庄等522个村进行“无煤化”改造，《北京日报》援引村党总支书记刘福新的话称，马各庄村947户居民响应“无煤化”改造，只用了46天完成了临时周转，10月底村民就搬到村域外居住。

2014年通过的《京津冀协同发展规划纲要》，对北京全市提出“有序疏解北京非首都功能，加快构建高精尖经济结构”要求，2015年北京市发展改革委等17部门联合制定了《北京市新增产业的禁止和限制目录》，对不符合首都经济结构的产业进行了禁止和限制，其中木材加工、造纸和纸制品、印刷、金属制造、批发零售、仓储等产业都进入禁止性名单，这为马各庄村及周边东坝多个产业园区的清退埋下伏笔。

《保护人权规范公权 25件国家赔偿典型案例发布》对此结果，李莹称，已就该案刑事判决部分向检察机关提出抗诉申请，并就刑事附带民事诉讼部分提出上诉。只有一名女孩因遭受严重精神损害正在治疗，得到8万元赔偿，其他女生没有获得赔偿。这是民事部分上诉理由之一。